Добрый день!
А ведь, действительно, могут отказать.
Получается, что товар в Казахстан ввозил не покупатель, а Вы сами. Точнее Ваш курьер.
Передача товара, что в данном случае и будет его реализацией, происходила на территории Казахстана.
И, следовательно, эта операция не облагается НДС. Но и права на вычет тоже нет.
Экспортом будет, если Вы отгружаете товар в России, передав его для перевозки транспортной организации.
Вот налоговики и требуют у вас
транспортную накладную.
И лучше всего международную транспортную накладную, например,
CMR.
Курьер Ваш или это сторонняя организация?
Что написано в договоре по поводу доставки товара?
Успехов!